1956年9月，中央音乐学院在全国音乐艺术院校中，率先建立了音乐学系(Musicology Department )。经过近60年的辛勤工作，音乐学系在学科建设上已形成相对完整的教学体系和相对雄厚的学术力量。1982年，国务院学位委员会批准中央音乐学院音乐学学科为硕士学位授权点；1988年，为博士学位授权点。目前，除音乐学专业外，音乐艺术管理和音乐治疗专业也具有硕士学位授权资格。在音乐学学科的专业设置、课程结构、师资队伍、学术研究、人才培养等方面，中央音乐学院音乐学系站在全国音乐学学科建设与发展前列，是中国音乐学学科教学和研究的一个重要基地。

　　音乐学系目前设中国音乐史、中国传统音乐理论、西方音乐史、音乐美学、世界民族音乐理论、音乐艺术管理、音乐治疗7个专业方向，有民族音乐实验室、多媒体工作室、世界音乐演奏实习中心、欧洲早期音乐中心、音乐美学研究中心、音乐心理学研究室，另附设中央音乐学院远程教育学院认证课室。各专业所设课程总和已超过80余门。在这些理论课程中，有多门在国内属唯一开设。所有主干课程（含中国传统音乐、中国音乐史、西方音乐史、世界民族音乐、音乐美学）均具有我系教师自编教材和现代化教学能力。从建系至今，音乐学系教师已出版和发表专著、教材和论文万余部（篇），许多研究成果填补了国内外音乐学学科建设的空白，并被国内和海外多所院校采用。

　　音乐学系现有教授24名（含外籍特聘教授2名），副教授8名；博士生指导教师26名（含4名外聘博导），硕士生指导教师45名（含博士生导师）；另有讲师4名，助教1名，外聘教师4名。

　　2015年，音乐学系在校学生共275人，其中本科生音乐学专业80人，艺术管理专业27人，音乐治疗专业28人；硕士研究生90人，博士生50人。